Auf zwei Ausstellungsebenen werden zwei Themenschwerpunkte gezeigt:
Die weiß-blauen Rauten sind in Bayern allgegenwärtig - im Staatswappen und auf bayerischen Flaggen, auf Bierkrügen und Dingen des täglichen Lebens. Doch wer weiß, wo die bayerischen Rauten ihren Ursprung haben? Antwort gibt die Abteilung "Ritter, Rauten & Co.“, die Einblick in die verschiedenen historischen Etappen der Bayerischen Rauten gewährt.
Die zweite Abteilung ist dem Bogenberg, dem “Heiligen Berg Niederbayerns“ gewidmet. Die Wallfahrt zu Unserer lieben Frau ist eine der ältesten in ganz Bayern. Darüber hinaus zeugen zahlreiche religiöse Gegenstände und wertvolle Skulpturen der Romanik, der Gotik und des Barock von einer reichen Landschaft großer Volksfrömmigkeit.
Verschiedene Sonderausstellungen machen den Besuch im Kreismuseum jederzeit zu einem kulturellen Ereignis.
Seit mehr als 100 Jahren sammelt, erforscht und zeigt das Museum die Kunst- und Kulturgeschichte des Landkreises Straubing-Bogen. 2007 - 2009 erfuhr das Museum eine grundlegende Neugestaltung seiner Dauerausstellung: Die Geschichte der Bayerischen Rauten, die ihren Ursprung im Wappen der Grafen von Bogen haben, sind ein zentrales und überregional bedeutsames Thema: Interaktiv und in vielen unterschiedlichen Facetten können Museumsbesucher die Geschichte des Bayerischen Wappens und der Rauten als zentrales "Logo" von Bayern nachvollziehen.
Aber auch der Bogenberg als Wallfahrtsziel, als Ausflugsziel, als markanter Landschaftspunkt und als historisch besonders interessanter Ort wird in der neuen Dauerausstellung erfahrbar gemacht. Die Ausstellung ist wie ein "Spaziergang" auf dem Berggipfel gestaltet. Museumsbesucher erfahren Hintergründe, Geschichtliches, Anekdoten und Zusammenhänge zu den jeweiligen Stationen, die am Bogenberg zu sehen sind: Hier geht es um Wallfahrt allgemein am Beispiel der bekannten über 500-jährigen Holzkirchener Wallfahrt mit der "langen Stang", um die Wallfahrtskirche, das besondere Gnadenbild einer schwangeren Muttergottes und um die Votivgaben, um die Wallfahrtsbetreuung, den Bogenberg als "Heiligen Berg Niederbayerns", um Tourismus, um Wallfahrt und Gewerbe und um Volksfrömmigkeit.
Zusätzlich werden regelmäßig Sonderausstellungen zu kunst- und kulturgeschichtlichen Themen veranstaltet, museumspädagogische Aktionen angeboten. Es gibt auch außerhalb der Öffnungszeiten die Möglichkeit, individuelle Führungen für Gruppen ab 10 Personen zu buchen. Ferner bietet das Museum auch einen Audioguide für drinnen im Museum und draußen am Bogenberg an.